Program Sarjana
Fakultas Peternakan UGM menawarkan satu program studi jenjang sarjana yaitu Program Studi Ilmu dan Industri Peternakan. Pembelajaran yang berkelanjutan berbasis pada hasil-hasil penelitian yang mutakhir akan terus ditingkatkan. Dengan ini diharapkan hasil lulusan menguasai dasar-dasar ilmiah dan pengetahuan serta metodologi sehingga mampu berfikir, bersikap dan bertindak sebagai ilmuwan, mampu menerapkan pengetahuan dan keterampilan teknologi yang dimilikinya dalam kegiatan produktif dan pelayanan kepada masyarakat, serta mampu mengikuti perkembangan pengetahuan dan teknologi dalam dunia global. Setelah menyelesaikan program pendidikan di Fakultas Peternakan UGM dan memenuhi semua persyaratan maka diberikan gelar kesarjanaan: Sarjana Peternakan, disingkat S.Pt.
Program Magister
Fakultas Peternakan UGM menyelengarakan program studi magister sains yaitu Ilmu Peternakan. Program studi magister di Fakultas Peternakan pertama dibuka pada 1 September 1980, ada 2 jurusan yang tersedia yaitu produksi ternak dan nutrisi ternak. Seiring dengan perubahan yang terjadi, pada tahun 2006 dengan dikeluarkannya Surat Keputusan Rektor UGM No. 89/P/SK/HT/2006 tentang Penyelenggaraan Program Pascasarjana monodisipliner yang berbasis di bawah Fakultas, Program Pascasarjana Ilmu Peternakan dikelola oleh Fakultas Peternakan UGM. Mulai tahun 2018, Program Studi Magister Ilmu Peternakan menawarkan 5 spesialisasi, yaitu (1) Ilmu Nutrisi dan Makanan Ternak; (2) Sistem Produksi Hewan; (3) Pemuliaan dan Reproduksi Ternak Tropis; (4) Kebijakan dan Bisnis Peternakan; dan (5) Teknologi Produk Peternakan.
Program Doktor
Fakultas Peternakan UGM menyelenggarakan program studi doktor yaitu Ilmu Peternakan. Pelaksanaan program studi doktoral di bidang ilmu pertanian mengacu pada Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 212/U/1999 tentang Penyelenggaraan Program Doktor; Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia No. 23/U/2000 tentang Pedoman Perumusan Kurikulum Pendidikan Tinggi; dan peraturan UGM tentang Penyelenggaraan Program Studi Doktor. Sejak 9 Maret 2006, pelaksanaan Program Pascasarjana di bidang Ilmu Peternakan menjadi program monodisipliner di bawah Fakultas Peternakan UGM sebagaimana mengacu pada Surat Keputusan Rektor UGM No. 89/P/SK/HT/2006. Program studi doktor yang terdiri dari ketrampilan dasar dan khusus, serta penelitian. Ketrampilan dasar dan khusus terdiri dari kegiatan perkuliahan, seminar, belajar mandiri dan komunikasi ilmiah. Program ilmiah yang ditawarkan antara lain evaluasi pengembangan dan pemanfaatan pakan di Indonesia, eksplorasi terhadap potensi genetik ternak lokal Indonesia, termasuk pengembangan dan peningkatan produktivitas, Penerapan bioteknologi dalam upaya untuk meningkatkan kualitas dan keamanan pangan produk peternakan, perencanaan dan evaluasi bisnis peternakan serta kompetensi sumber daya manusia.
Program Profesi
Profesi Insinyur di Indonesia menurut Undang-undang No. 11 Tahun 2014 berada di bawah organisasi PII (persatuan Insinyur Indonesia) yang saat ini menjadi anggota organisasi keinsinyuran tingkat dunia seperti World Federation of Engineering Organizations (WFEO) dan ASEAN Federation of of Engineering Organizations (AFEO). Kompetensi insinyur di Indonesia yang berlandaskan undang-undang tersebut dapat memenuhi kebutuhan dan tantangan global dan dapat bersaing secara internasional.
Program studi profesi insinyur (PPI) merupakan program pendidikan baru sebagai mandat dari Undang Undang RI No 22 Tahun 2014 tentang Keinsinyuran, Universitas Gadjah Mada merupakan salah satu dari 40 perguruan tinggi yang diberi tugas untuk mendirikan PPI. Program studi Profesi Insinyur Peternakan UGM merupakan satu-satunya program studi Profesi Insinyur Peternakan di Indonesia. Program studi profesi Insinyur Peternakan UGM merupakan salah satu langkah strategis dan didirikan untuk menyiapkan sumber daya manusia Indonesia di bidang keinsinyuran peternakan. Program Studi Profesi Insinyur Peternakan sudah terakreditasi BAN-PT pada tahun 2017.