Fakultas Peternakan adalah fakultas yang termuda di Universitas Gadjah Mada (UGM). Pada tanggal 15 September 1955 Fakultas Kedokteran Hewan UGM berkembang menjadi Fakultas Kedokteran Hewan dan Peternakan (FKH&P) UGM dan selanjutnya atas dorongan masyarakat dan inisiatif beberapa dosen pada tahun 1964 membentuk dua jurusan yaitu: 1) Jurusan Kedokteran Hewan dan 2) Jurusan Peternakan.
Berdasar Surat Keputusan Deputi Menteri Perguruan Tinggi tanggal 20 Juni 1966 nomor 38, terhitung mulai tanggal 1 September 1966 FKH & P ditingkatkan menjadi dua Fakultas yaitu: 1) Fakultas Kedokteran Hewan dan 2) Fakultas Peternakan, namun dalam pelaksanaannya masih tergabung dalam FKH & P. Mulai 10 November 1969 dengan adanya Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan tanggal 2 November 1969, nomor: 1449/KT/I/SP/1969, Fakultas Peternakan UGM secara resmi berdiri dengan pengangkatan Dekan dan Sekretaris di Fakultas Peternakan UGM dengan menyelenggarakan Program Studi Peternakan, sehingga jumlah Fakultas di UGM menjadi 18.
Sesuai dengan SK Direktur Jenderal Dikti No. 221/DIKTI/Kep/96 tanggal 11 Juli 1996, Program studi Peternakan dikembangkan menjadi empat program studi; Nutrisi dan Makanan Ternak, Produksi Ternak, Sosial Ekonomi Peternakan, dan Teknologi Hasil Ternak.
Dalam rangka pengembangan sistem pendidikan yang mampu memberi bekal ilmu pengetahuan keprofesian dan untuk mengakomodasi perkembangan industri peternakan, berdasarkan SK Rektor UGM Nomor 187/P/SK/HT/2006 tanggal 1 Mei 2006, maka Program Studi Nutrisi dan Makanan Ternak, Produksi Ternak, Sosial Ekonomi Peternakan, dan Teknologi Hasil Ternak dirubah menjadi Program Studi Ilmu dan Industri Peternakan.