Fakultas Peternakan adalah fakultas yang termuda di Universitas Gadjah Mada (UGM). Pada tanggal 15 September 1955, Fakultas Kedokteran Hewan UGM berkembang menjadi Fakultas Kedokteran Hewan dan Peternakan (FKH & P) UGM dan selanjutnya atas dorongan masyarakat dan inisiatif beberapa dosen pada tahun 1964 membentuk dua jurusan, yaitu: 1) Jurusan Kedokteran Hewan dan 2) Jurusan Peternakan.
Berdasar Surat Keputusan Deputi Menteri Perguruan Tinggi tanggal 20 Juni 1966 nomor 38, terhitung mulai tanggal 1 September 1966 FKH & P ditingkatkan menjadi dua Fakultas yaitu: 1) Fakultas Kedokteran Hewan dan 2) Fakultas Peternakan, namun dalam pelaksanaannya masih tergabung dalam FKH & P. Mulai 10 November 1969 dengan adanya Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan tanggal 2 November 1969, Nomor: 1449/KT/I/SP/1969, Fakultas Peternakan UGM secara resmi berdiri dengan pengangkatan Dekan dan Sekretaris di Fakultas Peternakan UGM dengan menyelenggarakan Program Studi Peternakan, sehingga jumlah Fakultas di UGM menjadi 18.
Sesuai dengan SK Direktur Jenderal Dikti No. 221/DIKTI/Kep/96 tanggal 11 Juli 1996, Program Studi Peternakan dikembangkan menjadi empat jurusan; Nutrisi dan Makanan Ternak, Produksi Ternak, Sosial Ekonomi Peternakan, dan Teknologi Hasil Ternak.
Dalam rangka pengembangan sistem pendidikan yang mampu memberi bekal ilmu pengetahuan keprofesian dan untuk mengakomodasi perkembangan industri peternakan, berdasarkan SK Rektor UGM Nomor 187/P/SK/HT/2006 tanggal 1 Mei 2006, maka jurusan Nutrisi dan Makanan Ternak, Produksi Ternak, Sosial Ekonomi Peternakan, dan Teknologi Hasil Ternak diubah menjadi Program Studi Ilmu dan Industri Peternakan.
Selanjutnya berdasarkan SK Rektor UGM Nomor 1612/P/SK/HT/2015, pada tahun 2016 dilakukan reorganisasi departemen dengan mengacu pada SOTK Universitas menjadi lima departemen yaitu: Departemen Nutrisi dan Makanan Ternak, Departemen Produksi Ternak, Departemen Pemuliaan dan Reproduksi Ternak, Departemen Sosial Ekonomi Peternakan, dan Departemen Teknologi Hasil Ternak.
Fakultas Peternakan UGM memiliki sekitar 2000 mahasiswa dan didukung oleh sekitar 71 dosen yang berkompeten di bidangnya, dimana 75%-nya telah bergelar doktor dan tenaga kependidikan sebanyak 92 orang. Fakultas Peternakan menawarkan progam gelar mulai dari sarjana, magister, doktoral, dan profesi insinyur.
Fakultas Peternakan dibagi menjadi lima departemen :
- Departemen Nutrisi dan Makanan Ternak
- Departemen Produksi Ternak
- Departemen Sosial Ekonomi Peternakan
- Departemen Teknologi Hasil Ternak
- Departemen Pemuliaan dan Reproduksi Ternak