Organisasi kemahasiswaan tingkat fakultas terdiri dari Badan Otonom (BO) dan Badan Semi Otonom (BSO).
- Badan Otonom terdiri dari Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM), Dewan Perwakilan Mahasiswa (DPM), dan Himpunan Mahasiswa.
- Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM) Fakultas : berfungsi sebagai perwakilan mahasiswa untuk menampung dan menyalurkan aspirasi mahasiswa sesuai garis-garis besar program yang ditetapkan dalam Musyawarah Besar Keluarga Mahasiswa Fakultas Peternakan UGM.
- Dewan Perwakilan Mahasiswa (DPM) : berfungsi sebagai wahana untuk merencanakan dan melaksanakan serta mengembangkan kegiatan ekstra kurikuler terutama yang bersifat penalaran dan keilmuan.
- Himpunan Mahasiswa berfungsi sebagai wahana pelaksanaan kegiatan ekstra kurikuler yang bersifat penalaran dan keilmuan.
- Badan Semi Otonom (BSO) adalah lembaga mahasiswa yang berfungsi mengembangkan keterampilan dan minat khusus yang dimiliki mahasiswa.
- Forum Studi Mahasiswa Peternakan (FOSMAPET)
- Badan Penerbitan Pers Mahasiswa (Gallusia)
- Keluarga Muslim Fakultas Peternakan (KMFPT)
- Keluarga Mahasiswa Katolik (KMK)
- Persatuan Mahasiswa Kristen (PMK)
- Agropreneurship Community (APC)
- Caravan Mountaineering Club (CMC)
- Kandang Kreasi (KARESI)
- Alfalfa Symphony
- Rhythmic Charolais
- Albazia Saman
- Pastura Nasheed
- Klub olahraga (Ongole FC, Abate, Softball, Badminton, etc.)